黄檗山万福寺，又叫黄檗寺、黄柏寺，是福清历史上最大、最有影响的寺庙。清乾隆《福清县志》记载：“（其）以山多黄檗而得名”。
唐贞元五年（789年），莆田人正干从六祖慧能处学禅得法后回闽，路经黄檗山，爱其山川灵秀，想起师父“遇苦即止”的偈语，因悟“黄檗味苦”，便开山结茅，募缘建寺，初名“般若堂”。贞元八年（792年），又于堂之东向增辟院落，禅寺粗具规模。
明洪武二十三年（1390年），寺僧大休得莆田周心鉴居士之助重修殿宇，香火盛极一时。明嘉靖年间，倭寇侵犯福清，佛寺毁于兵燹。明万历四十二年（1614年），神宗皇帝敕赐藏经678函、紫袈裟3袭，同时赐额“万福禅寺”。王举抵闽后，藏经、紫袈裟由福清市港头镇后叶村叶向高护送到寺院。
日本历代天皇先后4次追赠尊号，极尽崇荣。黄檗寺不仅是黄檗宗的祖庭，在中国佛教史上占有重要地位，而且也是国际佛教圣地之一，在日本佛教界有很大影响力。如今日本佛教的黄檗宗就是隐元禅师传入的。
福清市东瀚镇人、南宋参知政事（相当于副宰相）黄祖舜的《黄檗览秀阁和韵》曰：“飞阁凌云翠，幽寻一径微。峰峦长竞秀，烟水莽相围。景色尘嚣外，诗情领略归。标题属大手，价重胜留衣。”
内阁首辅叶向高的《人日游龙潭》曰：“人日看山雨乍收，溪光山色向人浮。晴云不散澄潭影，新水初添曲涧流。选石移尊同取醉，扪萝觅伴共寻幽。陵源深处何须问，但见桃花便好游。”
1981年，黄檗寺被列为福清县级第一批重点文物保护单位。1983被国务院列为全国汉族地区142所重点佛教寺院之一、福建省14所对外开放寺院之一。
1997年隆重举行重建落成暨佛像开光庆典。2017年，乐善好施的福耀集团大慈善家曹德旺，不忍祖庭沉寂没落于尘世，慷慨捐出2.5亿元巨资修缮伽蓝，成为佛教界的一大盛事。目前，黄檗寺的主体工程圆满结束，寺院初具规模。
2019年11月22日，“黄檗流芳 祖庭重光”首届国际黄檗禅论坛暨隐元禅师东渡365周年纪念大会在福清举行。与会领导和嘉宾一致认为，黄檗文化作为中国传统文化的重要内容，是佛教中国化的重要成果。
并以此为载体，通过学术互动、民间互往和佛法互联等方式，深入挖掘黄檗文化资源，展示黄檗文化精神，黄檗文化作为对外文化交流交往的一张重要名片，必将为中日友好、“一带一路”建设和构建人类命运共同体作出新的更大贡献。
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